Новосибирские ученые создали алгоритм для ускорения обработки геномных экспериментов

Москва. 23 октября. INTERFAX.RU - Ученые Института цитологии и генетики (ИЦиГ, Новосибирск) и университета имени Мартина Лютера (Германия) разработали программный комплекс, позволяющий повысить эффективность анализа дорогостоящих геномных экспериментов, сообщает пресс-служба ИЦиГ.

Комплекс предназначен для поиска в ДНК совместно встречающихся так называемых мотивов - участков, с которыми связываются белки, управляющие считыванием закодированной в молекуле ДНК информации (транскрипцией).

В сообщении отмечается, что алгоритм ученых может использоваться для поиска новых партнеров уже известных белков-регуляторов, ключевых для выполнения важных физиологических функций организма, например, иммунного ответа", - говорится в сообщении.

Расположенные рядом мотивы, как правило, функционируют вместе, поэтому выявление таких пар позволит ученым предсказывать взаимодействия белков уже на этапе распознавания последовательности ДНК, а также исследовать роль этих взаимодействий в физиологических процессах.

Чтобы найти все мотивы определенного белка-регулятора в геноме, используется дорогостоящий (несколько сотен тысяч рублей) эксперимент, который называется ChIP-seq, однако белки-регуляторы никогда не работают в одиночку.

"Поиск же потенциальных партнеров, как правило, сопряжен с проведением дополнительных ChIP-seq экспериментов, что многократно повышает стоимость исследования. Именно эту проблему с успехом решает новый программный комплекс", - отмечает пресс-служба.

Метод позволяет по результатам лишь одного эксперимента определить пары белков-регуляторов, работающих вместе, и описать соответствующие им участки связывания ДНК.

Качество работы программы исследователи проверили, проанализировав уже имеющиеся в открытом доступе данные 164 ChIP-seq экспериментов.

Новосибирские ученые получили патент на свою программу, она готова к практическому применению.